DOI: 10.31082/1728-452X-2019-208-209-10-11-101-107
УДК 579.252.2
ПОИСК ПРИЕМЛЕМЫХ МЕТОДОВ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ FRANCISELLA TULARENSIS, ЦИРКУЛИРУЮЩИХ НА ТЕРРИТОРИИ КАЗАХСТАНА
Уйнкуль А. ИЗБАНОВА1, https://orcid.org/0000-0002-4616-8728,
Елена С. ШЕВЦОВА2, https://orcid.org/0000-0002-7221-5866,
Лариса Ю. ЛУХНОВА1, https://orcid.org/0000-0002-5818-8021
1РГП на ПХВ «Национальный научный центр особо опасных инфекций им. М. Айкимбаева» МЗ РК, г. Алматы, Республика Казахстан,
2РГП «Национальный центр биотехнологий» МОН РК, г. Нур-Султан, Республика Казахстан
Туляремия является эндемичной инфекцией для Казахстана. Генетическое разнообразие Francisella tularensis в Казахстане изучено не достаточно хорошо. Знание генотипов циркулирующих штаммов в природных очагах туляремии важно для эпидемиологического мониторинга, что позволяет проследить источник и пути распространения инфекции, дифференцировать естественную вспышку от искусственно созданной вспышки, позволяет прослеживать эволюционные изменения.
Целью данной работы является анализ литературы по методам генотипирования, используемых для изучения возбудителя туляремийного микроба F. tularensis.
Материал и методы. Мы провели систематический поиск литературных данных и отобрали источники из PubMed, Thomson Reuters, Springer, e.library.ru, Google Scholar, базах данных Кокрейна. Были включены тридцать шесть работ, которые удовлетворяли критериям включения.
Результаты и обсуждение. Для генотипирования патогенов широко используется мультилокусный анализ числа вариабельных тандемных повторов (MLVA). Простота выполнения, экономичность, высокая пропускная способность, воспроизводимость результатов и наличие баз данных генотипов делают технологию MLVA типирования незаменимой в эпидемиологическом мониторинге туляремии.
Для MLVA типирования циркулирующих штаммов в Казахстане была проведена оптимизация условий генотипирования с использованием 11 VNTR локусов, предложенных A.J. Vogler с соавторами. Оптимизация заключалась в подборе оптимальных флуоресцентных красителей, адаптированных на имеющееся в Казахстане оборудование, а также оптимизации концентраций праймеров в реакционной смеси и условий амплификации. Разработанный протокол позволяет получать воспроизводимые результаты и будет использован для определения генетического разнообразия туляремийного микроба, проведения кластерного анализа и построения минимальных островных деревьев.
Вывод. Таким образом, представленные данные свидетельствуют о перспективности использования MLVA для изучения генотипов и геномные особенности возбудителя туляремии, анализ данных которых позволит составить полноценную карту генотипов F. tularensis, циркулирующих в Казахстане.
Ключевые слова: F. tularensis, VNTR, MLVA, генотип.
Тэги: ОБЗОРЫ