DOI: 10.31082/1728-452X-2018-195-9-54-60
УДК 616.988.25-022.935.4 (574-20:574.52)
ГЕНЕТИЧЕСКИЕ ВАРИАНТЫ ВИРУСА КРЫМ-КОНГО ГЕМОРРАГИЧЕСКОЙ ЛИХОРАДКИ, ЦИРКУЛИРУЮЩИЕ НА ТЕРРИТОРИИ ЮЖНО-КАЗАХСТАНСКОЙ ОБЛАСТИ
Т.И. НУРМАХАНОВ1, Е.Б. САНСЫЗБАЕВ1, О.У. ЕСХОДЖАЕВ1, А.Н. ВИЛКОВА1, Р. САЙЛАУБЕКУЛЫ2, М.В. КУЛЕМИН2, Л.М. АТОВУЛАЕВА2, Д.К. КАМАЛОВА3, А.Б. ШЕВЦОВ3
1Казахский научный центр карантинных и зоонозных инфекций им. М. Айкимбаева, г. Алматы, Республика Казахстан,
2Шымкентская ПЧС, г. Шымкент, Республика Казахстан,
3Национальный центр биотехнологии, г. Астана, Республика Казахстан
Ежегодная регистрация случаев Крым-Конго геморрагической лихорадки на фоне отсутствия специфических средств профилактики и лечения заболевания делают изучение природных популяций вируса актуальным в плане получения новых данных о генетическом разнообразии вирусов Крым-Конго геморрагической лихорадки, циркулирующих на юге Казахстана. Получение данных последовательностей участков S, L и М сегментов генома вируса Крым-Конго геморрагической лихорадки от клещей послужат в дальнейшим основой для разработок отечественных диагностических препаратов и вакцин.
Цель исследования. Получение нуклеотидных последовательностей участков S, L и М сегментов генома вируса Крым-Конго геморрагической лихорадки от клещей и сравнение их с опубликованными данными из базы данных GenBank для установления филогенетических взаимоотношений между штаммами вируса Крым-Конго геморрагической лихорадки из Южно-Казахстанской области и штаммами вирусов, циркулирующих в различных регионах мира.
Материал и методы. Клещи отлавливались как в открытых стациях методом «на флаг», так и снимались с сельскохозяйственных животных. Измельчение проводили в гомогенизаторе «Mini-Bead Beater» с добавлением 700 мкл питательной среды Игла МЕМ. Вирусную РНК из пулов клещей выделяли с использованием коммерческого набора «QIAGEN» (Германия), к-ДНК получали с использованием набора «Реверта L» (Россия) согласно инструкциям производителей. Детекцию возбудителя Крым-Конго геморрагической лихорадки в пробах от клещей проводили методом количественной ПЦР (qPCR). Выделение S, L и М сегментов проводили методом двухраундовой ПЦР с внешними и внутренними наборами праймеров. Построение дендрограмм проводили с использованием программного обеспечения Mega 5.0, выравнивание нуклеотидных последовательностей проводили, используя алгоритм Muscle, построение филогенетических деревьев проводили с использованием «метода ближайших соседей».
Результаты и обсуждение. Получены данные секвенирования участков S, L и М сегментов генома вируса Крым-Конго геморрагической, лихорадки, выделенного от клещей из Южно-Казахстанской области. Амплифицированы и секвенированы фрагменты S сегментов вируса протяженностью 471-510 п.н., L сегментов протяженностью 548-623 п.н. и М сегментов протяженностью 793 п.н. Нуклеотидные последовательности выделенных сегментов вируса ККГЛ были депонированы в международный банк данных Gene bank NCBI.
Выводы. Проведенные исследования впервые в Казахстане показали генетическое разнообразие циркулирующих в Южно-Казахстанской области вирусов Крым-Конго геморрагической лихорадки. Филогенетический анализ и сравнения последовательностей выделенных участков генома с базой данных GenBank позволили сделать заключение, что на территории Казахстана циркулируют генетические варианты вируса генотипов Азия 1 и Азия 2.
Ключевые слова: Крым-Конго геморрагическая лихорадка, секвенирование, филогенетический анализ.
Тэги: ИНФЕКЦИИ