УДК 616.981.51
Б.К. КУРМАНОВ¹, Б.Б. АТШАБАР¹, Г.Е. САРИЕВА³, А.А. АБДИРАСИЛОВА¹, З.Ж. АБДЕЛ¹,
Ш. БАХТЫБЕККЫЗЫ¹, А.С. ЖУНУСОВА¹, Н.К. МУКАШЕВ¹, Н.П. КАБЫШЕВА¹, А.К. КАСЕНОВА¹,
Л.Е. НЕКРАСОВА¹, Э.Ж. БЕГИМБАЕВА¹, С.Т. АБДИКАРИМОВ², А.К. ЖАПАРОВА^2
1Казахский научный центр карантинных и зоонозных инфекций им. М. Айкимбаева,
Комитет по защите прав потребителей, МНЭ РК, г. Алматы, Казахстан,
²Республиканский центр карантинных и особо опасных инфекций МЗ КР, г. Бишкек, Кыргызстан,
³Иссык-Кульский государственный университет им. Тыныстанова, г. Каракол, Кыргызстан
ГЕНОТИПИРОВАНИЕ ШТАММОВ YERSINIA PESTIS ИЗ СРЕДНЕАЗИАТСКОГО
ПУСТЫННОГО И ТЯНЬ-ШАНСКОГО ВЫСОКОГОРНОГО ОЧАГОВ ЧУМЫ

Штаммы чумного микроба в Казахстане имеют довольно широкий диапазон вариаций биохимических признаков. Большей частью они относятся к биовару Mediaevalis (пустынные и степные очаги), однако встречаются и штаммы, относящиеся к биоварам Antiqua и Microtus (горные очаги). Несмотря на то, что биохимический анализ является стандартным методом типирования бактерий, он имеет свои недостатки. Для получения более точной картины филогенетического родства казахстанских штаммов чумного микроба актуальным является проведение молекулярно-генетических исследований.
Цель исследования. Проведение генетического анализа штаммов (изолятов) Y.pestis из двух природных очагов чумы с разными экологическими условиями: Среднеазиатского пустынного и Тянь-Шанского высокогорного.
Материал и методы. 42 изолята чумного микроба, выделенные на территории Среднеазиатского пустынного (Северо-Приаральский, Приаральско-Каракумский и Арыскумско-Дарьялыктакырский автономные очаги) и Тянь-Шанского высокогорного (Сарыджазский автономный мезоочаг) природных очагов, штаммы Y.pseudotuberculosis 2841 и 433 и вакцинный штамм Y.pestis EV-76.
Исследование проводилось путем амплификации 24 наиболее вариабельных VNTR локусов с последующей детекцией результатов методом горизонтального гель-электрофореза. Филогенетический анализ проводился с помощью программы PAUP 4.0 по алгоритму UPGMA.
Результаты и обсуждение. Получены данные о размерах всех 24 целевых VNTR локусов исследуемых изолятов, составлена бинарная матрица и проведен филогенетический анализ. Полученное филогенетическое древо показало, что исследуемые изоляты чумного микроба принадлежат к трем биоварам: Antiqua, Mediaevalis и Microtus. При этом, к биовару Mediaevalis были отнесены все изоляты, выделенные в Среднеазиатском пустынном очаге чумы, а также два изолята из Сарыджазского автономного очага. К биовару Antiqua отнесены 19 из 22 изолятов, выделенных на территории Сарыджазского автономного очага чумы, а к биовару Microtus (группа пестоидов) был отнесен изолят SZ-4, который по структуре своих VNTR локусов был близок древним представителям чумного микроба: Y. pestis Angola, Y. pestis 3771 и Y. pestis Pestoides F.
Выводы. С помощью VNTR анализа выяснено, что в условиях горного климата Сарыджазского очага, в популяциях сурков и мышевидных грызунов, циркулируют в основном штаммы древних ветвей чумного микроба: биоваров Antiqua и Microtus. В условиях пустынного климата Среднеазиатского природного очага, в популяциях разных видов песчанок, циркулируют, в основном, представители биовара Mediaevalis.

Ключевые слова: чума, Yersinia pestis, природные очаги чумы, генотипирование, мультилокусный VNTR анализ, филогенетическое древо.

 

скачать